Buenas,
La pila no es porque lo que estas haciendo al quitarla es borrar la configuración de la BIOS (Fecha, hora, opciones escogidas, etc) y cargar la que hay por defecto.
¿No será que se te configuran los puertos SATA con alguna configuración específica (ACHI, RAID) o similar y el disco duro te desaparece? Si es así sería normal que al quitar la pila se te "arreglase" porque la BIOS cargaría valores por defecto y se configuraría bien.
Por intentar dar luz al asunto.
Saludos,