Yo probaria a mirar si el archivo .part correspondiente aun esta... es MUY posible que solo se haya corrompido el archivo .met de la descarga, para cuyo caso tienes la copia .met.bak
De entrada mira cuantos archivos tienes en el directorio TEMPORAL del emule, y luego cuantas descargas tienes.
Deberias tener exactamente el TRIPLE de archivos temporales que de descargas. Si tienes mas, sobran cosas "perdidas", y es posible que una sea tu archivo fantasma. Entonces ya tendrias que buscarlo, por tamaño, por ejemplo.