Puede ser un virus, corrupción de la copia o que se te haya jodido el pincho.
Prueba a ver esto. Si usas Windows Vista/7:
1-Abre el símbolo de sistema (cmd) en modo administrador (botón derecho > ejecutar como administrador)
2-Escribe DISKPART
3-Escribe LIST DISK y comprueba que tu pendrive aparezca en la lista
4-SELECT DISK X, donde X es el número del pendrive según la lista anterior
5-CLEAN. Con esto borras la tabla de particiones del pendrive.
6-Cierras todo, sacas el pendrive y lo vuelves a meter. Prueba ahora a formatearlo.
Si vas a intentar hacer esto, procura dejar sólo enchufado el pendrive, que no haya ninguna unidad más en el equipo aparte del disco duro interno y de no equivocarte al seleccionarlo. Como hagas el CLEAN en la unidad que no es, te la habrás cargado entera.