El proce es una pasada, yo miraría si la diferencia de precio merece la pena por el rendimiento. Has pensado en un doble núcleo con Xeon? no sé por cuanto andará eso,
La gráfica... Vas a usar cuda? Por otro lado no sabría decirte si una cuadro o la bestia esa que montas

será mejor o peor. Además que habría que mirar si las aplis que usas, aprovechan el procesamiento de la gráfica.
Yo le pondría un ssd, incluso miraría para poner una ramdisk, e incluso más memoria ram.
No tengo ni idea de 3d (lo justo) Pero sé que necesitas procesamiento a tope y mucha memoria que sea lo más rápida. además de ver si vas a usar la gráfica como co-procesador...
La caja esta: Cooler Master Cosmos II, ventilación.... si le vas a dar caña, te hará falta un suplemento en la gráfica, crear presión positiva (que entre más aire del que sale)
Pero miraría, si vas a darle uso profesional, los xeon.
EDITO: Ah! que también es para jugar... Con el SSD te vale. Con el proce no me meto, pero son 1000 € creo... me parece una locura jajaja.