Puedes usar 2 sistemas operativos en el mismo pc.
La única limitación es que cada uno este en un disco duro o particion separada del otro.
Como tu pc tiene dos discos duros, la mejor opción es que cada uno este en uno diferente. Windows 98 solo puede trabajar con particiones FAT. Windows XP puede trabajar con particiones FAT y NTFS.
Si quieres que compartan datos, utiliza el sistema FAT y olvidate de NTFS para hacerlo todo mas sencillo. Ambos sistemas operativos podrán acceder a los datos de ambos discos duros.
Los pasos para instalar varios sistemas operativos son, como norma general, instalar el sistema mas antiguo el primero e ir instalando del mas antiguo al mas nuevo.
En tu caso, instala el windows 98 el primero, y después el windows XP. Este ultimo, debería detectar la instalación del windows 98 y crear un menú de arranque donde te permite elegir con que sistema quieres arrancar.
Saludos.