La shell de windows me parece que no acepta *\*, podrías hacer un script que recorra el directorio principal y vaya moviendo mediante "move subdirectorio\* destino\". Ahora no tengo un Windows a mano y de memoria no lo recuerdo.
Forma rápida en Windows: pones en el buscador *.* y buscas en la carpeta que tiene las subcarpetas, te salen todos los archivos, Ctrl+A, Ctrl+X, vas a tu carpeta y CTRL+V, listo
