Yo lo suelo hacer con el TMPGEnc, y me va muy bien.
La opcion esta en Archivo/herramientas/fusion y corte.
Selecionas el tipo de archivo (si es cvcd, kvcd, etc es vcd no standar) le das a corte y pones el principio y el final con los marcadores y le das a iniciar y listo.
Salu2