El tamaño de la particion que uses para el SO...Depende de lo que vayas a ocupar...xD
Si tu SO+programas ocupan 40, pues...yo meteria una particion de 80 gigas. No estoy muy al tanto ,pero me suena que lo que debes intentar es no tener nunca mas del 80% ocupado....Si puede estar entorno al 50% mejor que mejor. Pero vamos, si vas a ocupar 30 gigas, minimo metele 50 a la particion...
Viene bien o no viene bien? Para mi viene bien siempre tenga el tamaño que tenga, por que te permite hacer una instalacion limpia de todo con mayor facilidad, sin necesidad de tener un disco extra para guardar backups de tus archivos. Pero vamos, para mi lo que ayuda es tener SO/programas en una particion, DATOS en otra.
Lo que hay en la carpeta Temp puede borrarse sin mayores problemas, si.
Aun asi, si llevas 5 años, si puedes permitirtelo (por que ya se que reinstalar y configurar todo es un coñazo) formatear y reinstalar todo, en instalacion limpia, suele ser mano de santo...