Pues hombre, desde luego que podría ser eso el problema, si la pasta térmica se ha salido del procesador (o de la gráfica, o del chipset) y es, aunque sea ligeramente, conductiva o capacitiva, tienes un problema gordo (y muchas pastas térmicas que anuncian como no conductivas, si se pintan directamente sobre las pistas de la placa, pueden dar problemas, porque conducen poco, pero es suficiente, o porque son capacitivas como he comentado).
Limpia con alcohol isopropílico (si tienes a mano, si no, con el alcohol usual con suerte te puedes apañar), un bastoncillo y mucho cuidado toda la que haya caído fuera. Después, prueba de nuevo. A ver si tienes suerte y no se ha estropeado nada.
Saludos