nvidia:
-generalmente mejores drivers
-mas caras
-physx exclusivo
-buena compatibilidad para mac, linux, etc
-poca potencia gpgpu generalmente
ati:
-peores drivers
-mas baratas
-sin physx
-mala compatibilidad con linux, mac...
-buena potencia gpgpu las gamas altas
pero a parte de la marca y depende de tus prioridades, también es importante el ensamblador de la tarjeta, si buscas que la tarjeta sea silenciosa y fresca, tendrás que elegir los mejores ensambladores según el modelo.
PD. yo también prefiero nvidia.