Algo parecido me pasó la semana pasada con 2 servidores 2k3 ( posible actualizacion??? Misterios de Microsoft... )
El tema está en q no me arrancaba, no me daba el error del hal, pero me decia q no encontraba el ntdetect. Cuando arrancaba la consola cn el CD me había intercambiado las unidades (q cabron!!).
Al final lo solucioné sin reinstalar, tuve que recuperar los archivos de inicio (ntdetect.com, boot.ini, ntds, etc... ahora mismo escribo desde un vista y no me los se de memoria, jejeje) Y cuando recuperé los archivos, el windows arrancó sin problemas.
Creo que desde el Boot.ini, si le dices q la particion primaria es la 2 ( de todos los numeritos que hay entre parentesis en la linea del sistema operativo, dentro del boot.ini, tendras q modificar el último (0) ó (1) que tengas...)
Eso es lo q hice yo, y después de una semana, todo sigue rulando....
EDIT
Si quieres, cuando estes en la consola, en la carpeta windows\system32 existe una "aplicacion" llamada bootmgr que te puede recuperar el boot.ini, prueba ejecutando bootmgr /? para ver las opciones