Vamos a ver
Si vas a segir arrancando con el disco antiguo (2), lo mejor es que hagas una particion extendida en todo el nuevo disco (1) ; despues en esa particion extendida crearas las unidades logicas que desees
De esta manera te quedara asi:
"disco 2"
* particion primaria: C:
* particion extendida del disco 2 que contiene las unidades logicas , F:, G:
"disco 1"
* Sin particion primaria
* particion extendida del disco 1 que contendra las unidades logicas que crees
Imagino que las unidades logicas del disco 2 son F:, G: porque habras quitado algun disco duro que contenia las unidades logicas que faltan (D:, E: )
Con Windows 98se (Con XP no lo he probado) si tenias dos discos duros cada uno de ellos con particion primaria el orden del nombre de las unidades era:
C: particion primaria del primer disco
D: particion primaria del segundo disco
E:, F:,... particiones logicas contenidas en la particion extendida del primer disco
y por ultimo las particiones logicas de la extendida en el segundo disco,
Es decir PRIMERO iban las particiones primarias y despues las logicas. Lo cual podia generar un lio en Windows 98 al añadir el segundo disco, pues el nombre de las particiones variaba.
Creo que windows xp no tiene ese problema, pero para evitarlo no crees mas de una particion primaria en los dos discos
Otra consideracion es arrancar desde el disco de mayor capacidad que probablemente sea mas rapido
Nota:
Si estas considerando instalar Linux, haz como ya te he dico una sola particion extendida que ocupe todo el disco duro, pero no lo ocupes todo con particiones logicas, deja espacio sin usar en esa extendida que Linux detectara y usara (yo diria al menos 10 GBytes)
Suerte.