A ver, en algunos juegos aunque ponga 60 hz en el menú de resolución o gráficos del juego realmente son 59.94 hz. Otros juegos pone directamente 59hz a pelo.
No te comas la olla con eso, si el juego te va bien a 59 hz sin stuttering ni nada pues puedes estar contento.
Al poner el modo ventana o ventana sin bordes te activa el vsync el aero de Windows y como el escritorio lo tienes a 60 hz pues por eso te cambia de 59 a 60, pero como ese juego funcione realmente a 59.94 hz como muchos hacen al venir de consolas donde la gente usa teles que soportan 59.94 hz pues no funcionará fino del todo y tendrás stuttering o tirones al no ir el juego totalmente sincronizado.
Como digo depende del juego, pero la gran mayoría internamente trabajan a 59.94 aunque en el menú del juego ponga 60 hz.