los pendrive si se pueden formatear en ntfs, solo que esta "algo" escondido,...
1. Botón derecho en Mi PC, vamos a la solapa Hardware, y hacemos clic en Administrador de Dispositivos

2. Desplegamos las unidades de disco, seleccionamos el Pen Drive o unidad flash que queremos formatear, apretamos el botón derecho y seleccionamos propiedades.

3. En la solapa Directivas, seleccionamos la opción Optimizar para rendimiento. Hacemos clic en Aceptar, y si nos pide reiniciar, reiniciamos.

4. Una vez que carga el S.O., abrimos Mi PC, seleccionamos el Pen Drive o unidad Flash, apretamos el botón derecho y seleccionamos Formatear

5. En la lista desplegable de sistema de archivos, seleccionamos NTFS y hacemos clic en Aceptar.