Desde windows xp, boton derecho sobre mipc -> administrar -> almacenamiento -> administracion de discos -> y ahi mira a ver si te sale tu nuevo disco duro, si te sale, boton derecho sobre el crear particion (de esto ya no me acuerdo exactamente) pero vamos le das el espacio que quieras, el sistema de ficheros que quieras, y una vez creada la formateas ahi tambien.
Se puede hacer con el fdisk en msdos pero vamos si puedes hacerlo desde windows, hazlo asi que sera menos lioso.
Saludos