Algo parecido me paso a mi, con Mi asus A8N-E.
El problema estaba en que al poner un disco duro como IDE 1 Master me daba como preferencia este en lugar del sata y en windows el C era el IDe i no el Sata.
Cuando puse el Sata como Sistema operativo, se jodio la marrana.
El ordenata no arrancaba, asi que quite el Ide incluyendo el cable Ide i instale el windows en el Sata ya que era entonces el unico que quedaba haciendo particion nueva etc. y al final de todo cuando el ordenador ya rulaba con el sata unicamente, volvi a poner el Ide i entonces lo pillo bien.
Hay placas en las cuales si pones un Sata y un Ide como Master se hace la picha un lio.
Ahora tengo 1 Sata 2, 1 sata 1 y el Ide y va perfecto.