Veamos, si te he entendido. Tienes un servidor que va a alojar varios espacio web, con ip dinámica, y quieres simplificar el dominio. El proceso es el siguiente (te lo detallo para un usuario, repite para cada uno).
-Levantas un virtual host por usuario (sustituye todo lo que empiece por $ por tus valores propios):
# Con esta config, toda petición que te llegue desde $dominio va a ir redireccionada a su site.
ServerName $dominio
ServerPath $raiz_servidor
DocumentRoot $ruta
-Configura no-ip para que te vaya a tu ip, pero NO incluyas más rutas.
-Contrata un dominio que apunte a la url no-ip.
De esta forma todo debería ir bien. Si quieres, para probar que todo va bien, da de alta un dominio de dyndns con direccionamiento estático que apunte a no-ip y lo testeas todo. Un saludo