Network Manager guarda la contraseña asociada a la red mediante el gestor de claves de tu gestor de ventanas: KWallet y Gnome-keyring-manager. De no hacerlo asi cada vez que quieras conectarte a una red tendras que introducir la clave.
Al menos en KDE creo que se puede cambiar ese comportamiento en las opciones de knetworkmanager. En Gnome desconozco como hacerlo.