Porqué no te lo planteas de otra forma; piensa en que tipo de aplicación te gustaría hacer para aprender e investiga que tecnologías vas a necesitar. Analiza entonces que plataforma sería la más adecuada para tu idea (Framework.Net o JVM), y el lenguaje de programación a usar te vendrá casi dado.
Mi opnión personal es que Java está más estendido y cuenta más salidas profesionales. Tiene detrás un comunidad enorme (apoyada por grandes empresas) que lo soporta y lo mejora día a día. Quizás es un pelín más lioso al principio, en el sentido de que para todo tendrás múltiples alternativas (distintas librerías o frameworks) y mucho "open source", pero al final lo verás como una ventaja más.
C# (.Net) por su lado tiene a su único dueño y fabricante (M$) "mimándolo" y creando un montón de buenas tecnologías (las "Windows Foundation", Linq, etc.) muy bien integradas y documentadas. Además, tiene a Visual Studio como ide de desarrollo que es una pasada.
Espero haberte sido de ayuda.
Un saludo