Las cosas que esten en estereo no las vas a poder poner en 5.1, no puedes sacar mas canales donde no hay, en cuanto al problema de los cortes, prueba a reintalar el codec, por ejemplo con el klite codec pack puedes instalar solo ese codec, si no quieres los demas, y lo bueno es que al final puedes decirle que te ponga los valores por defecto del codec, a ver si hay algo mal configurado