yo creo que aparte de las herramientas, el alcohol y la pasta térmica os estáis olvidando de un par de cosas...
1º- paciencia...
2º- si algo no entra en un sitio, es que no va ahí (cada cosa entra en un sólo sitio y de una sóla manera)...
PD: para separar la placa de la caja, la propia caja trae la tornillería apropiada (los separadores son bastante sencillos de idetificar), sólo tienes que colocarlos según la plantilla ATX o micro ATX que suele venir con las cajas y listo...