Casi ninguna: navegar por pestañas en la misma ventana, en lugar de ir a buscar la ventana que se quiere abrir a la barra de tareas; abrir y cerrar ventanas a un click; apertura simultánea de grupos de webs; bloqueo de popup; barra de búsqueda ampliada (bueno, ésta puede usarse también con IE si se cambia la referencia en el registro)...
Cada una de esas cosas muy configurable.
Y antes de que salgan por aquí con el tópico "pásate al mozilla", a diferencia de éste (bugs de seguridad aparte, claro), puedes configurar los iconos de los vínculos, como en IE, a tu gusto para que no tengas que dar nombres muy detallados y baste con ver el icono.
Personalmente, te recomiendo que cambies la barra de búsqueda que lleva tu zip de traducción al español por la que lleva
éste . Descomprímelo en Languages del directorio donde instalaste MyIE2.