Yo uso un programa regcleaner que limpia el registo y tambien vale para quitar los elementos de inicio. Otra solucion es copiar el msconfig de un XP al 2000 y meterlo en system32 creo que es, tambien se puede con el del 98 pero peta mas.
Puedes copiar tranquilamente (o bajar) el msconfig.exe. Bájalo AQUÍ, y ponlo en la carpeta C:\winnt\system32\. Una vez hecho esto vas a Ejecutar, escribes 'msconfig' y listo.