Todo depende de la fuente original como te han dicho. He dicho AudioCD por ser la fuente más común de ripeos, pero si tienes una de mayor calidad, FLAC ofrece mayor calidad.
Flac es un codec bastante configurable, pudiendo elegir muchísimas frecuencias de muestreo y diferentes niveles PCM. Es decir, el Audio CD tiene una frec. de muestreo de 44100 Hz (fijo) y una cuantificación PCM de 16 bits/muestra, mientras que en Flac puedes elegir frecuencias de muestreo desde 1Hz hasta el megahertzio (me parece), y los niveles PCM van desde 4 hasta 32 bits por muestra, lo que supone mucha más elección y posibilidad de más calidad. Además Flac permite múltiples canales (creo que máximo 8) mientras que el Audio CD permite 2 (y me parece que en algún caso permite 4, pero no lo sé seguro). Y además, Flac te hace una correlación entre canales y temporal, por lo que te va a comprimir los datos sin perdad calidad.
Y la mayor calidad siempre la va a tener un sonido real (obviamente) ya que no se ha hecho el proceso de muestreo+cuantificación+codificación, proceso por el que sí o sí se va a perder calidad. Ahora bien, que esa péridad de calidad sea perceptible por el oído humano es otra cosa... A este tema se le puede dar muchas vueltas, personalmente me doy con satisfecho con un MP3/Vorbis con una buena tasa binaria, no percibo apenas diferencias en formatos de más calidad (o si lo hago no me doy cuenta...). Y como yo el 99% de la gente. Y además que para empezar a notar diferencias tienes que tener un equipo de reproducción de bastante calidad.
Saludos