Si cuando haces doble click te pregunta que programa quieres abrir es porque el Autorun.inf sigue existiendo en el disco duro, y hasta que no lo elimines no va a volver a la normalidad. Aunque el virus lo hayas eliminado, el autorun.inf puede seguir existiendo.
Bájate un programa que se llama RegUnlocker y repara la visualización de archivos ocultos. A continuación, vete al menú Herramientas > Opciones de Carpeta > Ficha Ver y activa "Mostrar Todos los archivos ocultos" y un poco más abajo, desactiva "ocultar archivos protegidos del sistema operativo". Con eso podrás ver el Autorun.inf dichoso y eliminarlo. Y con esto no hará falta que andes toquiteando el registro.
Esto es lo que ha resuelto el 100% de los casos de este tipo que me he encontrado. Me extraña mucho que el virus haya modificado en el registro lo de abrir el disco duro. En cualquier caso, siempre puedes probar esto y con alguna opción más del RegUnlocker, a ver si con esas...