Hola, es buena pregunta esa que haces.
Yo cuando compilo MAME lo que hago es compilarlo sólo con las plataformas que quiero emular. Ahora mismo, ando haciendo experimentos con la emulación de Apple IIGS y Macintosh, así que edito el fichero "makefile", descomento la línea "SOURCES" y la dejo así:
SOURCES = apple/mac128.cpp,apple/maciici.cpp,apple/apple2.cpp,apple/apple2gs.cpp
Luego compilo (la versión de MAME para Libretro, que es la única que uso) con esta línea:
CFLAGS="-march=native -mtune=native -fomit-frame-pointer" \
CXXFLAGS="-march=native -mtune=native -fomit-frame-pointer" \
make REGENIE=1 -f Makefile.libretro -j10
Nótese que uso -j10 porque mi equipo tiene 10 cores (no tengo HyperThreading activado ni interés en activarlo).