Yo optaría por el mini-pc porque aunque los discos duros externos son cómodos y prácticos están limitados por su hardware. Todos te leeran *.avi sin problemas pero si le pones ac3 de sonido o bien optas por otros contenedores (ogm, mp4, mkv) seguro que ni te los detecta.
Además si tienes un poco de maña te puedes montar un htpc y le pones MythTV (linux) o Media Portal (windows). Si te haces con una tarjeta DVB-T, un mando a distancia y una conexión a inet tienes un media center en condiciones.
Añádele también que puedes ponerle emuladores tipo MAME con lo que el mini-pc gana por goleada y SopCast (para ver los partidos de furbol por la patilla) y ya puestos algún p2p. Con eso ya tienes el Media Center por excelencia
Suerte y cuéntanos qué decides!