Para ponerla solo pon un gotita y extiendela por todo la cpu como si pusieras cemento en una pared con una espatula. Puedes usar una tarjeta de credito, un trozo de plástico, un guante de latex.... Pero nunca algo metalico. Seguro que hay videos en youtube.
Sin duda las temperaturas que tienes es por culpa de la pasta termica, asi que cambiala ya, que ademas un bote pequeño no vale mucho.