Tal vez se haya infectado el explorer.exe ... no seria el primer virus que lo hace...
inicio -> ejecutar -> sfc /scannow
Te comprobara los archivos, si te sige diciendo que todo es correcto, me iria a la consola de recuperacion desde el cd, borraria el explorer.exe y lo copiaria otra vez desde el cd...
expand D:\I386\explorer.ex_ %systemroot%\explorer.exe
Otra opcion, Modo simbolo del sistema, si lo expandes asi:
expand D:\I386\explorer.ex_ %systemroot%\explorer_original.exe (expandimos el archivo original desde el cd)
cd %systemroot% (entramos en la carpeta Windows)
ren explorer.exe explorer_antiguo.exe (renombramos el explorer original)
ren explorer_original.exe explorer.exe (renombramos el archivo expandido antes como si fuera el original)
shutdown -f -r -t 0 (reiniciamos...)