Si mal no recuerdo, con el dvd lab pro puedes agregarlos, y si no me equivoco tienen que estar en .srt
Por hay esta un programa llamado MaestroSBT algo así, que sirve para pasar prácticamente cualquier tipo de subs a DVD subs pero ando algo perdido y no sabría decirte 100% seguro
Yo lo que hago es pegarselos rapidamente con el Pocket divx encoder dandole total prioridad y en 15-20 min lo tiene encodeado con subtitulos, lo que no se es si funciona con formato mkv.
Eso si durante esos 20 min el pc no sirve para nada mas xD