Pues que realmente la conexión que tiene un procesador socket 1150 (y 1155 igual) para manejar gráficas se reduce a 16 lineas, que son conexiones punto a punto con los puertos pciexpress, por eso si conectas una gráfica funciona a 16x y si conectas dos hay que repartirlas (8 para cada una).

Imagínate que tuvieras una carretera con un máximo de 16 carriles en total, por donde van los coches (datos). Si tienes que conectar solamente dos ciudades (cpu y una gráfica), los 16 carriles van directos y no hay problema. Si tienes que conectar 3 ciudades (cpu y 2 gráficas) en distintas direcciones, tienes que poner 8 carriles para cada una, por lo que el tráfico va a ser más denso, aunque con las gráficas actuales, en general, 8 carriles son suficientes y aunque sea más denso no hay problema. Este es el escenario habitual con 2 gráficas a 8x/8x
Con un chip PLX el esquema cambia, tienes los 16 carriles desde una ciudad, que van a un gran nudo de carreteras, desde donde salen otros 16 carriles para cada una de las otras ciudades. Lo bueno, que cada ciudad tiene un acceso de 16 carriles para ella sola. Lo malo, que se pierde algo de tiempo en ese nudo de desvíos que hace perder algo de rendimiento (las latencias que comentaba). Y lo-otro-malo, que por mucho que hayas descongestionado el tráfico en las dos ciudades secundarias, la salida de la ciudad principal sigue teniendo los mismos 16 carriles que al principio, así que una parte del trayecto está igualmente congestionada, sobre todo en setups de 3 y 4 gráficas.
Explicado esto, yo diría que
no tienes un cuello de botella apreciable, aunque como todo, depende de lo sibaritas que nos pongamos y lo que queramos llevar las cosas al límite. Siempre hay un cuello de botella, en uno u otro lugar, e incluso con un utópico pc 100% equilibrado en X juego, veríamos un cuello de botella pasando a otro que tire más de CPU o de gráfica.
No cambies nada, con 2 gráficas está perfecto el equipo como lo tienes. Si quieres poner 3 o más, entonces empezaría a plantearme bien el cambio a una placa con chips de puente PLX o bien a una plataforma socket 2011-3. Por supuesto, lo segundo es una opción en general mejor, aunque también más cara.
Saludos