El joy2key es un programa independiente y se puede utilizar a la vez con el gameex, de hecho yo lo hago asi.
Si quieres que al arrancar el sistema te encienda directamente el gameex, puedes poner un acceso directo en la carpeta inicio dentro del menu inicio, y asi te arrancara directamente.
Del mismo modo, puedes poner que cuando arranque el gameex, se encienda cualquier otra aplicacion de forma automatica (como el joy2key) o cualquier otra que tu quieras asi podras tener ambos programas funcionando.
Tambien te comento que el gameex tiene un menu de configuraciones super completo donde podras tocar todos los parametros de tus emuladores, etc...
Ya me contaras, pero estoy segurisimo que no te va a defraudar... Yo pienso que se lo que buscas, y esta es a mi entender la mejor solucion hoy por hoy para hacer lo que tu quieres.
Un saludo.
-=Evil=-
