Un saludo, te cuento mi experiencia.
Mi placa base (una ya antigua Gigabyte GA-P55A-UD4) solo tiene dos puertos USB 3 traseros, creo que ninguno interior.
Y efectivamente es un engorro pincharle algo por detras (la caja esta en el suelo, tumbate en la cama de al lado y manipula a ciegas)
Por lo que en Amazon compre un prolongador USB 3 de 1,5 metros. (En realidad con uno de 1 m hubiera tenido bastante pero en ese momento no estaba disponible)
El primero que me llego estaba en mal estado y bloqueaba el equipo, me lo cambiaron y mas o menos bien.
Algun pendrive me da algun error.
Si le pincho un disco duro externo de 2,5 (probado con dos Toshiba) al prolongador, no funciona. De alguna manera el cable es demasiado largo y no le llega alimentacion suficiente. Por lo que en ese caso no me queda mas que conectarlo directamente al puerto trasero en cuyo caso ya no da problemas.
Con los discos duros externos de 3,5 que tienen su propia alimentacion no hay problema, lo conecto al prolongador USB 3 de 1,5 m + 0,5 metros del propio conector del disco duro y todo va OK
Suerte