No me explico como os puede desincronizar, si la mayoría de cores que funcionan online a la que detectan una discrepancia en la memoria, tiran de savestate a un punto anterior para arreglarlo y con ello evitar la desincronía que comentas.
Si te falla con RetroArch que es lo más estable en el online de emuladores, solo me queda recomendarte que useis algún programa de estos que hacen streaming de la pantalla como Parsec y jugueis desde ahí.
Suerte.
