Si lo que quieres es un sistema operativo rapido, esta claro ke tienes ke instalarlo en el serial ata. Y si ademas kieres ke el SO este separado del resto de archivos, yo particionaria el disco de 500, pero no tan a lo bestia... Con 20-30 Gb tienes de sobra para el Sistema Operativo y demas... 40 como muxo.
Y a ver si te gusta la idea... podrias particionar el disco de 80Gb, con dos particiones de 40, y usar una como Backup de tu SO... no se, es por divagar un poco ^^.
Un saludo.