Es normal que sea así, en esa toma pci-e sólo se necesitan 12v, no 5v, por eso el conector del molex no lleva ese cable (El rojo, que corresponde a los 5v).
Yo también tengo la misma caja, y es cierto que la gráfica no hace buen contacto con la caja donde debería ir el tornillo (que no lleva ya que lleva un sistema screwless), y yo tube que cortar el plástico que separa una ranura pci de la otra porque mi gráfica (una 7900GTO) ocupa dos ranuras y entonces no entraba, luego tras hacer eso ya entró, pero aun así no está muy fija. De todas formas creo que es fallo de la caja (de los pocos que tiene, porque por lo demás me parece muy buena caja para el precio que tiene) y que es normal que quede un poco suelta, pero a mi por lo menos el contacto con la placa base lo hace correctamente.
Podrías poner unas fotos de la gráfica encajada (una que se vea como hace contacto donde debería ir el tornillo y otra que se vea como hace contacto con la placa) a ver si es como en la mía (y por tanto la causa podrñia ser una gráfica estropeada) o es más y es esa la causa de que no funcione.