1º.- Como todos sabemos, la medida de los discos duros la hacen los fabricantes en base 1GB = 1000MB, (base 10) en lugar de la base 2 (1GB = 1024MB), esa es la primera perdida de datos en discos duros.
2º.- Windows muchas veces no LIBERA realmente el espacio que han ocupado los archivos borrados o movidos hasta un reinicio o una verificación / escaneo del disco duro, cuando actualiza Tabla de Particiones y el Espacio Libre.
3º.- Debido al tamaño de los clusters, perdemos mucho espacio al almacenar archivos que no lo ocupen totalmente.
Por ejemplo, imagina que en un cluster caben X k's (en NTFS puede variar de 512bytes a 64K), pongamos el caso mayor, 64K, y tu tienes un archivo que "pesa" 70K, con lo que de tu disco duro "desaparecerían" 128K, ya que ocuparías los 64K del primer cluster + 6K del segundo, aunque el SO informará que ese segundo cluster se encuentra "ocupado al 100%" aunque, en realidad, tenga libre 60K.
Si sumas todos los K's ocupados que en realidad no lo están, tendrás un espacio considerable "libre" pero ocupado.