para lo de la bios, en teoria no se puede actualizar desde window, aunque hay placas que si lo permiten, con su soft especial
si quieres actualizar la bios, debes arrancar el pc en modo msdos
bien con el cd de win98 como dices o con un disquete de arranque
evidentemente si tienes particiones ntfs no las veras, por lo que deberas tener el archivo de la bios (*.bin) y el programita de la actualizacion (*.exe) a mano para pdoer actualizar (copialos en un disqute)
una vez arranques, actualizas como te ponga en el manual de la placa, o en la pagina del fabricante
de todas formas, si tienes el sp1 deberia de funcionar, aunque podrias instalarte el sp2 y ver si te lo coge.
por cierto, si instalas el sp2, deberias ir al administrador de dispositivos, discos logicos y reformatear el disco para que intente coger el tamaño total.
saludos, y espero ayudar!