En una ocasion parecida me entretuve marcando manualmente clusters defectuosos (como medida de precaucion marcaba ademas del marcado por format, como te dice Harl, yo marcaba unos cuantos anteriores y otros cuantos posteriores) luego no sirvio para nada y el disco duro acabo de morirse despues haber instalado el sistema operativo.
Utilice las Norton Utilidades 2002 para MS-DOS, especificamente DISKEDIT. La particion era FAT32, habia que arrancar en MS-DOS, pero el norton manejaba bien los clusters.
Suerte, pero cuando un disco duro empieza a mostrar cluster erroneos es señal de que esta agonizante, al final puede pasarte como a mi, que despues de la faena no te sirva para nada y ¿quien se fiaria de un disco duro que puede fallar en cualquier momento?.
Mejor que intentes hacer uso de la garantia o compres uno nuevo.