Simplemente, haz un scandisk y un defrag al HD en el que quieras meter MDK. Luego, con el programa de manejar particiones, durante la instalación le dices que quieres utilizar espacio libre de la partición Windows y le asignas la cantidad que necesites (Yo con 10 GB voy sobradísimo -MDK metiendo cosas a saco ocupa unos 3 como máximo-, pues para los datos utilizo una Fat 32 aparte para que XP pueda trabajar también en ella).
Y ya está. Él solito debería hacer una partición de 10 GB respetando los datos de windows y montarse las particiones menores dentro de esa grande, instalando después MDK.
Al menos yo lo hice así con MDK 9.1 y eso que NPI de linux hasta ese día. Ah, ese fue el primer día que hice una partición de HD, pues yo siempre he preferido tener HDs físicos independientes para estos menesteres
P.D.:
Te recomiendo hacer una copia de seguridad de los datos que tengas en Windows por si acaso. Y a ser posible, instala linux en un 2º HD por las mismas razones. No es que deba pasar nada malo, pero todos sabemos que los ordenadores dan por saco a la menor oportunidad