En ambos casos sigue siendo ilegal si una nave agricola o una caseta de herramientas, la conviertes en una vivienda.
La suerte es que a dia de hoy, con lo desesperados que estan los ayuntamientos, si pagas, seguramente te la legalicen.
Por lo demas, si, si la finca es rustica, es decir, esta fuera de territorio urbano, se paga menos, puesto que la parcela es edificable hasta un limite maximo, mientras que una urbana puedes edificar (si pagas).
Aun asi, si la casa lo vale, poco importa que la parcela sea rustica. Eso si, si fuese urbana te pagarian mucho mas (pero por el terreno).