Antivirus antes de inicio del sistema.
Mirar procesos con nombre raros.
Mirar que programas se inician con el sistema
Actualiza SpyBot a la ultima version. Yo ademas lo complemente con Avast (SpyBot solo me sirve TeaTimer creo

)
Yo sino lo pilla el Spybot lo hago de forma manual... pero vamos, no recuerdo ninguno que se salte Antivirus+SpyBot.
Consejo, no utilices Internet Explorer

(con otro navegador nunca se me han colado

).
AH!, y cuando alguna de estas cosas dan problemas jodidos y no encuentran bien... prueba a ejecutar los programas a modo a prueba de fallos para que no se camuflen o interfieran facilmente los jodidos ^^.