Lo mismo es el sonido de Coil Whine de la fuente de alimentación o la gráfica, a mi si conectaba algo a la salida trasera de jack 3.5 de la placa base, jugando me saltaba ese ruido molesto en los altavoces/auriculares.
Mi solución fue usar cascos USB o conectarlos al jack frontal de la torre, en el cual no me ocurría, aunque si te pasa con una tarjeta externa usb, no se que puede ser.