Entiendo tu preocupación y me parece lícito y respetable. Ahora, te ofrezco un nuevo punto de vista.
Te lo van a copiar. Hagas lo que hagas.
Tu programa no va orientado a que los particulares lo pongan en sus PCs porque es lo último y les mola tu programa, entorno donde la piratería es muy elevada, va orientado a entornos profesionales muy específicos, donde la piratería no es tan alta.
Luego, piensa en lo que dice la gente de los juegos y de la música o películas. Siempre se podrá copiar por mucho que te esfuerces. Entonces, en lugar de prevenir algo que de antemano va a pasar (y más con un sistema en PHP que es muy fácil de copiar y poner en marcha), ¿por qué no te dedicas a asumirlo y contraatacar? Es decir, dar alicientes para no tenerlo copiado. Esto mismo es lo que decimos siempre de los juegos, de Windows, de todo lo copiable en general... No veo por qué no deberías hacer lo mismo con tu soft.
Con esto no estoy diciendo que no inviertas en proteger adecuadamente tu software, pero que centres tus energías en evitar lo inevitable me parece absurdo, en su lugar céntrate en mejorar tu producto y dar alicientes para tenerlo comprado.
Aunque como te digo en el ambiente en el que tu software se va a mover se ve con otros ojos el tema de las licencias de pago.
PD: ¿ofuscación? ¿Cifrar el código? Evitar lo inevitable de formas sucias. En mi opinión, claro...