yo suelo desfragmentar 1 vez a la semana o incluso a veces mas. Tengo muy poco espacio libre y siempre que instalo algo gordo se reparte por los tropecientos mil huecos libres que quedan y se nota bastante.
No hay problema en desfragmentar, desfragmentar no es mas que copiar de la forma mas continuada posible los cachos que componen un archivo y luego borrar los cachos que han sido copiados.