A ver, va tochazo, sorry:
La explicación de porque en algunos juegos no funciona el mando de Mega Drive tiene que ver con que en la lectura del mando en el código del juego no se fija un pin de seleccion en el puerto de mandos:
- La lectura del mando en la Master System se hace por software. En el mando de Mega Drive, la lectura de los botones y las direcciones de control se hace en 2 "pasadas", y para ello se usa uno de los pines del puerto de mandos (TH) como selector de un multiplexador 2 a 1 (un circuito que permite poner en determinados pines del puerto unos botones u otros según ese pin esté a "0" ó a "1"), debido a que no se pueden poner a la vez en paralelo las 4 direcciones de control, los 4 botones (Start, A , B, C), 5V, GND y el pin de seleccion. Todos ellos suman más que los 9 pines que tiene el puerto de Master System / Mega Drive.
El pin selector TH se fija por software en el código del juego, para hacer la lectura del mando. En un juego de Mega Drive, el mando se lee en 2 "pasadas" de la siguiente manera:
1 - Cuando el pin de selección TH está a "0", el multiplexador pone para lectura los botones A, Start, las direcciones arriba y abajo, y... algo especial del mando de Mega Drive es que en este momento, los botones derecha e izquierda se leen siempre como si estuviesen pulsados simultáneamente, algo que no puedes hacer normalmente salvo que tengas la cruceta rota o hayas desmontado el mando. Esto se usa como condición para detectar si hay un mando de Mega Drive conectado. Resumiendo, típicamente lo que se hace en este paso es detectar que hay mando conectado comprobando que derecha e izquierda están pulsados y se leen los botones A y START.
2 - Cuando el pin de selección TH está a "1", el multiplexador pone para lectura los botones B, C y las 4 direcciones del pad de control, y esto es lo que se lee en este momento.
Como veréis, esta segunda pasada es la que da el funcionamiento "normal" del mando de Mega Drive en los juegos de Master System: casi todos los juegos fijan el pin TH a "1" y luego leen el puerto de mandos de esa manera. Peeero hay juegos que no fijan ese pin y son precisamente en los que el mando de Mega Drive no funciona, ya que se hace también la lectura en el ciclo en el que está pulsado a la vez izquierda y derecha, y ahi la logica del juego falla ya que no es algo que se pueda hacer normalmente.
Hay algún caso curioso. Si no recuerdo mal, en el Wonder Boy in Monster Land el mando de Mega Drive no funciona (el personaje hace cosas raras), pero si lo iniciamos con bios japonesa (aparecerá como "Monster World" la pantalla de título) sí funcionará correctamente con el mando de Mega. Esto es así porque el código de lectura del puerto de mandos cambia para la "rama japonesa" del código ya que en japón hay más periféricos para la Mark III (como un teclado por ejemplo) y sí se fija el pin selector TH para detectarlos.
Estuve haciendo para mí hace un tiempo unos hacks para juegos para intercambiar botones y poder usar los botones A y START del mando de Mega Drive en los juegos de Master System para poder más funcionalidades desde el mando, como poner pausa desde el mando y tirar magias de forma más sencilla, y haciendo esos hacks lo ves todo más claro.
Sobre el tema de la compatibilidad de los juegos de Codemasters ya lo puso
@aranya más arriba, usan un modo de vídeo que no tiene la primera versión del VDP, así que no funcionarán en muchos modelos de Master System I (no en todos, yo tuve una de 1990 con Alex Kidd en memoria que ya traía la segunda versión del VDP) y tampoco en Mega Drive.