No son mejores ni peores, incluso teniendo el dobre del ancho de banda que los de 3Gb/s no vas a notar más velocidad con un disco duro normal.
Por ver una ventaja, yo desactivaría los que no usase para bajar el consumo de energía. Además, parece que los que corresponden al chipset tienen capacidad de montar RAID mientras que con la controladora Marvell no es posible.
OJO: en la Marvell y en el eSATA Micron sólo puedes conectar discos duros, las unidades de DVD no son ccompatibles.