Con avidemux puedes, eliges el codec de vídeo, le das a filtros y tienes unos cuantos para integrar subtítulos, uno de ellos puede con los .srt.
Tendrás que recomprimir el vídeo, no es tan sencillo como poner los subtítulos.
Creo que hay algún contenedor que puede incluir los subtítulos en el mismo archivo de modo que sea el reproductor el que los mezcle, no sé si eran los mkv o los ogg.