Windows NO esta pensado para rular en un pendrive, hay gente que lo ha conseguido despues de un follón considerable (y sin drivers para grafica/sonido normalmente), pero con inestabilidad y bastantes problemas, y lento claro está.
En lugar de amargarte la vida con algo que no te va a rular decentemente, ¿no has pensado en instalar linux en un pendrive? no tiene ni uno de los inconvenientes que se te van a presentar.
Una Kubuntu a la que le instales algunos paquetes (soporte multimedia y alguna cosa mas o programa que te interese) tienes un PC totalmente funcional.