Si la partición la hiciste con el programa de instalación de Windows, no creo que sea por la partición.
Para que arranque windows, la bios le tiene que decir en el sector 0 de qué HD tiene que buscar para arrancar. Así que si no es la Bios, es que el sector 0 de tu disco Sata no tiene nada, ya que windows al instalarse SIEMPRE sobreescribe lo que haya en el sector 0 del disco que considere el 1º, no necesariamente de aquel donde hayas instalado windows.
Resumiendo, si no es de la bios, no sé qué te puede estar pasando...
Saludos